Em Agosto de 2003, o GEG obteve a certificação do Sistema de Gestão da Qualidade implementado, em conformidade com a norma NP EN ISO 9001:2000, na Conceção e Elaboração de Projetos de Engenharia Civil e Geologia. Em 2006 o âmbito dessa certificação foi alargado, englobando a Coordenação de Projetos e a Coordenação de Segurança e saúde em fase de projeto.

O ano de 2012 marcou o reforço do investimento do GEG na certificação dos seus sistemas de gestão, tendo em Julho abrangido o Sistema de Gestão da Segurança e Saúde do Trabalho e o Sistema de Gestão Ambiental na Conceção e Elaboração de Projetos de Engenharia Civil e Geologia, Coordenação e Gestão de Projetos, Coordenação de Segurança e Saúde em fase de Projeto, de acordo com as normas OHSAS 18001: 2007 / NP 4397: 2008 e NP EN ISO 14001: 2004, respetivamente.

Ainda em 2012, durante o mês de Agosto, o GEG viu o seu Sistema de Gestão da Investigação, Desenvolvimento e Inovação obter certificação no âmbito de Conceção e Elaboração de Projetos de Engenharia Civil, de acordo com o referencial normativo NP 4457: 2007.